Строительство делового центра началось в 1992 году по инициативе архитектора Бориса Ивановича Тхора. Деловой центр задумывался как аналог лондонского Canary Wharf и парижского Дефанс.

Первым сооружением комплекса стал мост «Багратион», построенный в 1997 году, к 850-летию Москвы. Мост состоит из двух уровней, на верхнем расположена смотровая площадка, а на нижнем – торговые галереи. В вестибюле моста находится скульптура Эрнста Неизвестного «Древо жизни». С мостом соединена Башня 2000, предназначенная под офисы.

Здесь, всего в четырех километрах от Кремля находятся две башни Города столиц – «Москва» и «Санкт-Петербург».

Самой эффектной часто называют Башню Федерация, на которую, несмотря на то, что строительство еще не закончено, проводятся экскурсии.

Самое низкое здание Москва-Сити – Северная башня, ее высота «всего» 102 метра. Башня на Набережной состоит из трех зданий разной высоты.

Сейчас на территории Москва Сити ведется не только активное строительство, но и съемки фильмов. Здесь снимались «Духless», «Крепкий Орешек 5», и «Джек Райан – Теория Хаоса».
На месте Москва-Сити находились каменоломни, в которых добывали белый камень для строительства зданий старой Москвы.