В экспозиции музея представлены почти 10 тысяч экспонатов — от одноклеточных животных, которых, конечно, приходится показывать с помощью искусственных моделей, до крокодилов, тигров и зубров. Основная экспозиция знакомит с разнообразием мировой фауны и построена по классическому систематическому принципу — от простейших к позвоночным животным, класс за классом, отряд за отрядом. Исключение составляет небольшая, но красочно оформленная новая экспозиция, посвященная уникальным глубоководным экосистемам, существующим за счет хемосинтеза («Нижний зал» на первом этаже музея). Тема экспозиции зала сравнительной анатомии («Костный зал», второй этаж музея) — законы эволюционного преобразования морфологических структур.