Богоявленский собор — один из древнейших томских храмов. Храм имеет особое значение для истории Томской земли: именно в Богоявленском соборе на праздник преображения Господня в 1804 году было всенародно объявлено о создании Томской губернии. А свое начало храм берет от небольшой Богоявленской церкви, построенной на этом месте еще в 1630 году.
После революции, в 1930-х годах, храм был закрыт. С 1941 по 1989 год в нем размещался завод резиновой обуви.
В 1997 году полуразрушенный, обезображенный до неузнаваемости храм был возвращен Русской православной Церкви. В 2000 году в церкви были возобновлены ежедневные богослужения, собор был полностью восстановлен.
Главная святыня Богоявленского собора — частица мощей святого Beликомученика и целителя Пантелеимона, жившего в III веке. Каждую среду после вечернего богослужения эта святыня в особом ковчеге выносится из алтаря на середину храма и перед ней совершается Акафист святому угоднику Божию, по окончании которого каждый человек может приложиться к святым мощам и вознести перед ними молитву о себе и своих близких.
В алтаре собора висит распятие, к которому прикреплена звездица, хранящая частицу того креста, на котором, по преданию, был распят Иисус Христос.
Главной святыней Богоявленского собора является частица мощей святого великомученика и целителя Пантелеимона, которую в 2001 году Преосвященный Ростислав, Епископ Томский и Асиновский в серебряном ковчежце доставил из Московской Патриархии в восстановленный Томский Богоявленский собор.
