В 1934 году, ученый института цветоводства и субтропических культур Ф. М. Зорин, для получения новых, морозостойких сортов цитрусовых посадил в саду деревце дикого лимона. В его крону он последовательно привил японские мандарины, испанские апельсины, китайские кинканы, итальянские лимоны, грейпфруты и др. — всего 45 видов и сортов цитрусовых.
 
В 1940 году на этом дереве, в память о своем посещении сада, сделал прививку известный полярный исследователь О. Ю. Шмидт.
В 1957 году три вьетнамских врача предложили назвать это уникальное дерево-сад деревом Дружбы.
К настоящему времени на нем растут ветки, привитые представителями 167 стран мира. Всего на нем сделано более 630 прививок. Они сделаны руками глав многих государств, видных общественных и политических деятелей, космонавтов, ученых и представителей культуры.
В 1981 году, по инициативе продолжателя дела Зорина, Людмилы Макаровны Дмитриенко, в саду открылся музей, в котором представлены подарки дереву Дружбы из разных стран. Это национальные сувениры, письма, фото, реликвии, различные музыкальные инструменты, монеты, значки, шкатулки с землей с памятных и исторических мест. Всего в музее хранится свыше 20 тысяч подарков со всех континентов планеты.
Рядом с главным деревом растет еще 60 молодых деревьев дружбы. Их посадили своими руками люди из разных уголков Земли.