В состав Геленджикского историко-краеведческого музея входят 3 филиала: Дом-музей русского писателя-демократа В.Г.Короленко (х.Джанхот), Батарея капитана А.Зубкова — экспозиция под открытым небом,посвященная Великой Отечественной войне (пос. Кабардинка, мыс. Пенай), природно-археологический отдел «Долина реки Жанэ».
На территории при музее расположена выставка военной техники времен Великой Отечественной Войны и несколько уникальных экспонатов времен дольменной эпохи.
Коллекции музея насчитывают более 70 тысяч предметов.