Один из старейших музеев Дальнего Востока, основан в 1894 году. Фонды музея насчитывают более 400 тыс. единиц хранения. В музее размещена панорама «Волочаевская битва», одна из трех существующих в России, внесенная в архив панорам мира. В музее есть образцы лунного грунта, доставленные на Землю в 1970-х гг. станцией «Луна». В витринах выставлены обломки метеорита, упавшего в 10 часов 38 минут 12 февраля 1947 г. в средней части хребта Сихотэ-Алинь на севере Приморского края.
Посетители могут увидеть драгоценный ирнимит – синяя яшма, единственное в мире месторождение которого располагается в Тугуро-Чумиканском районе Хабаровского края в районе слияния рек Ир и Ними.
Украшение экспозиции о животном мире – скелет морской Стеллеровой коровы и скелет кита. Кит финвал – второе по величине животное планеты. Подарен музею владельцем одной из первых китобойных флотилий на Дальнем Востоке графом Генрихом Кайзерлингом.
Перед входом в музей установлена каменная черепаха – надгробие чжурчженьского полководца Эсыкуя, ХI в. Неизменный интерес у посетителей вызывают гипсовые скульптуры советского периода: гимназист Ульянов и девушка с веслом.
В 2008 г. в музее открыт новый корпус, который получил название музей Амура. Его жемчужиной по праву называют комплекс из трех больших аквариумов, в которых можно увидеть калугу, амурского осетра и белого амура.
