Строительство Кузнецкой крепости велось с 1800 по 1820 год.
В 1846 году Кузнецкую крепость сняли с баланса Военного Министерства. Здесь была организована тюрьма для уголовных преступников, и функционировала она до 1919 года, когда в ходе Гражданской войны все тюремные строения были сожжены.
28 декабря 1991 года в сохранившихся зданиях крепости был организован музей.
В 1998 году была воссоздана Барнаульская башня с прилегающими бастионами и солдатские казармы, а в 2008 году построен обер-офицерский дом, каменные сортии и заложен фундамент часовни.
В наши дни архитектурные и военно-фортификационные объекты Кузнецкой крепости используются как музей. Также в состав музея входит постройка XIX века, известная как Дом купца Фонарева. Здесь размещаются выставки, посвященные Кузнецкому острогу, истории градостроительства XVIII-XIX веков, а также городскому и крестьянскому быту XIX века.
