Нижний пруд имеет искусственное происхождение. Пруд был создан в 1256 году, когда рыцари Тевтонского ордена из расположенного рядом замка Кёнигсберг запрудили земляной дамбой речку-приток Преголи. Вода пруда использовалась для наполнения рвов замка. На пруду также была устроена водяная мельница, в связи с чем первоначально пруд назывался мельничным.
В 1753 году через пруд перекинули пешеходный мост. В 1869 году здесь случилась трагедия: во время посещения Кёнигсберга королём Вильгельмом I мост рухнул, не выдержав наплыва публики. Погибло 32 человека.
Хотя в XIX веке были разработаны проекты ликвидации пруда, однако, городская администрация решила сохранить пруд, превратив его в рекреационную зону. Примыкавшие к пруду строения постепенно сносились, в начале XX века вдоль берегов пруда были проложены променады. К 1930 году был достроен водный каскад от Верхнего пруда к Нижнему.
После войны пруд был переименован из Замкового в Нижний (очевидно, по отношению к Верхнему пруду), хотя ещё до пятидесятых годов в разговорной речи пруд продолжали называть Замковым или Королевским.
В восьмидесятых годах территория вокруг пруда была облагорожена. В 1983 году на месте старого моста, уничтоженного во время войны, был выстроен новый. Несколько позднее ещё один пешеходный мост был выстроен несколько севернее.
Нижний пруд является самым старым рукотворным сооружением Калининграда, сохранившимся до наших пор. Самая старая сохранившаяся постройка Калининграда, Юдиттен Кирха, была построена позже, в 1288 году.
