Верхний пруд имеет искусственное происхождение. Пруд был создан в 1270 году, когда рыцари Тевтонского ордена из расположенного рядом замка Кёнигсберг запрудили земляной дамбой речку-приток Преголи. Пруд использовался для разведения рыбы.
Верхний пруд является вторым по старости рукотворным сооружением Калининграда, сохранившимся до наших пор. Старше только Нижний пруд, созданный в 1256 году. Самая старая сохранившаяся постройка Калининграда, Юдиттен Кирха, была построена позже, в 1288 году.
В начале XX века город стал расти за пределы старых границ. Рядом с озером был построен новый престижный район вилл Марауненхоф (район улицы Тельмана). Само озеро превратилось в место отдыха горожан. Его дно выстлали толстым слоем морского песка. На берегах были устроены купальни, кафе, рестораны, причалы для прогулочных лодок.
Берега озера были украшены скульптурами и памятниками. На западном берегу в 1913 году была установлена группа из четырёх скульптур морских животных: моржа, морского слона, морской собаки и морского льва работы скульптора Германа Тиле. До наших дней сохранилось только две скульптуры, однако во время масштабных работ по очистке пруда и строительству набережной все скульптуры были восстановлены.
После войны пруд был местом купания и рыбной ловли. В 60—70-е годы здесь проводилось празднование дня Военно-Морского Флота. Проводили тренировки гребцы. В парке Юность находилась лодочная станция.
В настоящее время работы по реконструкции берегов пруда завершены.
