Ботанический сад Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта располагается на территории бывшего городского Кенигсбергского садоводства, основанного Паулем Кэбером, профессором, заведующим кафедрой высших растений и систематики Кенигсбергского университета, в 1904 году в одном из красивейших районов (Марауненгоф) города как база для практических занятий студентов. Садоводство снабжало школы города растениями для занятий по ботанике. Важную роль садоводство играло в популяризации растений, посетители могли ознакомиться не только с интереснейшей дендрологической коллекцией, но и с коллекцией овощных, технических, лекарственных и цветочных культур. На территории садоводства находились теплицы и оранжерейный комплекс.
После Второй мировой войны Ботанический сад находился в ведении различных организаций, а с 1967 года передан Калининградскому государственному университету. В настоящее время это научное подразделение кафедры ботаники и экологии растений Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта, учебная база для студентов факультетов биоэкологии и геоэкологии, а также педагогического факультетов университета и других учебных заведений города.
В настоящее время Ботанический сад занимает площадь 13,57 га, на его территории располагаются: оранжереи, парники, пруд, питомник древесных растений, коллекционные участки травянистых и древесных растений, подсобные помещения.
Коллекционный фонд Ботанического сада насчитывает более 2500 таксонов (травянистые и древесные, открытого грунта и оранжерейные) растений.
Первые тропические и субтропические растения были привезены в 1959 году из Главного ботанического сада в Москве. Впоследствии коллекция пополнялась видами, выращенными из семян, полученных из других ботанических садов, а также за счет черенков и укорененных растений, подаренных цветоводами-любителями или привезенных сотрудниками сада из командировок.