В начале XX века началась застройка жилыми зданиями восточной части острова Ломзе (в настоящее время остров Октябрьский). Так как новый район располагался довольно далеко от всех существовавших на тот момент церквей, встал вопрос о строительстве собственной церкви. Закладка первого камня будущего храма состоялась 15 июня 1930 года. Строительство велось на средства Альштадской церковной общины, объединением евангелических общин Кёнигсберга и прусским правительством. Освящение церкви состоялось 7 мая 1933 года.
В ходе Второй мировой войны кирха пострадала не очень сильно, хотя сгорел купол южной башни. После войны новые власти стали использовать здание в хозяйственных целях. В разное время здесь размещались автомастерская и опытная фабрика экспериментальных орудий лова рыбы. Здание подвергалось всевозможным перестройкам и реконструкциям. Внутри были устроены бетонные перекрытия. В результате фундамент, не рассчитанный на такие нагрузки, не выдержал: усилились просадки, в стенах появились трещины. К началу восьмидесятых годов здание было заброшено.
В июне 1986 года (по другим данным — в сентябре 1989 года) здание кирхи было передано православной общине. В 1991 году здесь был открыт Крестовоздвиженский приход Смоленско-Калининградской епархии Русской Православной Церкви. В 1991—1994 годах здание было восстановлено. Крестовоздвиженский Собор официально являлся кафедральным собором Калининградско-Смоленской епархии Русской Православной Церкви вплоть до освящения Храма Христа Спасителя в г. Калининграде в 2006 году.
Довоенное убранство храма, созданное немецкими худоэниками, до наших дней не сохранилось. После передачи здания православной общине внутреннее убранство было восстановлено в соответствии с православными канонами. Главная достопримечательность нынешнего храма — уникальный янтарный иконостас.
