Большая северная часть территории заповедника, лежащая на северном макросклоне хребта, находится в пределах Кабанского района Республики Бурятия. Здесь же, в поселке Танхой, расположена его центральная усадьба. Южная часть заповедника занимает участки территории Селенгинского и Джидинского районов Бурятии. Общая площадь заповедника составляет 165,7 тыс. га, протяженность границы достигает 198 км. Вокруг заповедника создана охранная зона шириной в 1-3 км и общей площадью в 35 тыс. га.
В основные задачи заповедника «Байкальский» входит сохранение в естественном состоянии природных комплексов Юго-Западного Забайкалья со всеми их компонентами.