Храм был построен в 1889 году, открыт и освящен 6 сентября 1909 года. Сейчас Рождество-Богородицкий храм — один из самых красивых, больших и вместительных православных храмов Уфы.
После революции в 1919 году в храме разместился госпиталь, некоторое время там еще проводились службы.
В 30-х годах в здании храма размещался кинотеатр, в 1938 году там разместились авиамастерские.
В 1955 году здание церкви было снова передано под кинотеатр, который получил наименование «Йондоз». При этом была уничтожена купольная часть и наполовину снесены опорные столбы. Кинотеатр находился в помещении храма до 1991 года.
21 августа 1991 года здание возвращено Русской православной церкви.
Реконструкция здания продолжалась около 15 лет.
