Уникальность Музея археологии и этнографии заключается в том, что он действует в рамках научного учреждения — Центра этнологических исследований Уфимского научного центра Российской академии наук (ЦЭИ УНЦ РАН). Музей является одним из крупнейших хранилищ археологических, этнографических и антропологических коллекций, собранных во время научных экспедиций. В фондах ЦЭИ УНЦ РАН собраны крупные коллекции по всем периодам древней, средневековой и современной истории Южного Урала, по культуре и быту народов края. Экспозиции сопровождаются картами, схемами, планами, фотографиями, графическими реконструкциями, которые позволяют посетителям получить насыщенную и полноценную информацию.
Основатель Центра этнологических исследований – Кузеев Раиль Гумерович (1929–2005). Музей был открыт в 1976 году.
Музей и Центр стали комплексной научной, методической и методологической базой развития этнографии в Башкортостане и в сопредельных регионах Урало-Поволжья. Сегодня МАЭ представляет собой крупнейшее хранилище археологических (127 тысяч единиц хранения), этнографических (3 тысячи единиц хранения) и антропологических (1,2 тысяч единиц хранения) коллекций. Коллекции музея являются бесценными памятниками историко-культурного наследия и представляют огромный научный интерес. Их ценность определяется тем, что в совокупности они являют собой уникальное собрание историко-культурных памятников, предметов быта, отражающих многовековые контакты и взаимодействия различных культур на границе Европы и Азии, историю и культуру древних и современных народов Южного Урала.
