Музей был открыт в 2002 г. в бывшем доме купца Моисеева, являющемся памятником городской архитектуры конца XIX – начала XX вв.
Кирпичный одноэтажный на подвалах дом расположен в историческом центре Астрахани. Здание находится на пересечении двух улиц: Свердлова (бывшая Большая Демидовская) и Калинина (бывшая Воздвиженская, она же Запасная, она же Царицынская) и является удачным решением угловой части жилого квартала. Со стороны ул. Калинина от проезжей части дом отделяет кирпичная ограда, являющаяся существенным элементом городской усадьбы, где сохранились первоначальные металлические створки ворот.
В залах музея располагается экспозиция, позволяющая получить представление о жизни и творчестве Бориса Михайловича Кустодиева – астраханца, художника с мировым именем. В музее 190 его работ, среди которых более 100 графических листов, живописные полотна, скульптуры, а также мемориальные вещи и документы художника и его семьи.
Дом-музей поддерживает постоянный контакт с семьей Кустодиевых, благодаря чему собрание пополняется новыми поступлениями: фотографиями живописца и его потомков, работами самого мастера и его сына Кирилла, известного театрального художника, памятными вещами. Уникальны фотографии из личного архива семьи, подаренные музею внучкой художника – известным российским искусствоведом Татьяной Кирилловной Кустодиевой.