Строительство церкви Николы на Липне началось в 1292 году, на месте более древнего монастыря. Согласно преданию, монастырь был построен в начале XII века, после того как обретенная чудесным образом икона Николая Чудотворца исцелила князя Мстислава Владимировича от тяжелой болезни.
Церковь Николы на Липне была построена по заказу архиепископа Климента, но судя по надписи, найденной в храме, он умер до того, как строительство закончилось.
Храм содержит элементы западноевропейской архитектуры, свидетельствующие о творческих связях Новгорода и Западной Европы.
В середине XVIII монастырь был закрыт, а все его постройки, кроме церкви Николы на Липне, снесены. Начиная с 30-х годов в церкви работали реставраторы, правда после Великой Отечественной войны им прибавилось работы, ведь храм обстреливали.
В наше время церковь восстановлена.
Интересно отметить, что история обретения иконы не уникальна – некоторые православные иконы были «обретены», т.е. найдены, а не изготовлены на заказ. Такие иконы считаются подарком свыше, и, по многочисленным преданиям, способны творить чудеса.
Храм находится на острове Липно — одном из островов в дельте реки Мсты. Добраться сюда можно по воде: на лодке или катере.